<Back to BIOL 471.02 course homepage
Exercise 01 - Identifying Sources of Biodiversity Data and Constructing a Simple Mashup for Such Data for Pennsylvanian Trees
Due 26 Jan 2008 at the begining of class, 4 pm. Bring your mashup contained within a folder on your USB stick.
Step 1 - Read the following article (Note: the figures use important color coding that will not show up in s tandard b&w printout)
Hardy CR, NW Hardy (2008)
Simple biodiversity mashups for non-tech-savvy biologists: a demonstration using the liana flora of Pennsylvania, USA. Journal of the Torrey Botanical Society 135: 585-594.
Step 2 - Familiarize yourself with the sources of data referenced in the article.
Step 3 - Construct a simple biodiversity mashup for 15 species of PA trees. Species assignments are as follows:
R. Bosh:
| Abies balsamea (Balsam fir; Pinaceae) |
| Abies concolor (White fir; Pinaceae) |
| Acer japonicum (Japanese maple; Sapindaceae) |
| Acer negundo (Box-elder; Sapindaceae) |
| Acer nigrum (Black maple; Sapindaceae) |
| Acer palmatum (Japanese maple; Sapindaceae) |
| Acer pensylvanicum (Moosewood; Sapindaceae) |
| Acer platanoides (Norway maple; Sapindaceae) |
| Acer pseudoplatanus (Sycamore maple; Sapindaceae) |
| Acer rubrum (Red maple; Sapindaceae) |
| Acer saccharinum (Silver maple; Sapindaceae) |
| Acer saccharum (Sugar maple; Sapindaceae) |
| Aesculus flava (Yellow buckeye; Sapindaceae) |
| Aesculus glabra (Ohio buckeye; Sapindaceae) |
| Aesculus hippocastanum (Horse-chestnut; Sapindaceae) |
E. Corriveau
| Ailanthus altissima (Tree-of-heaven; Simaroubaceae) |
| Albizia julibrissin (Mimosa; Fabaceae) |
| Alnus glutinosa (Black alder; Betulaceae) |
| Amelanchier arborea (Shadbush; Rosaceae) |
| Amelanchier laevis (Smooth serviceberry; Rosaceae) |
| Aralia spinosa (Hercules'-club; Araliaceae) |
| Asimina triloba (Pawpaw; Annonaceae) |
| Betula alleghaniensis (Yellow birch; Betulaceae) |
| Betula lenta (Black birch; Betulaceae) |
| Betula nigra (River birch; Betulaceae) |
| Betula papyrifera (Paper birch; Betulaceae) |
| Betula pendula (European white birch; Betulaceae) |
| Betula populifolia (Gray birch; Betulaceae) |
| Betula pubescens (European white birch; Betulaceae) |
| Broussonetia papyrifera (Paper-mulberry; Moraceae) |
J. Eckenrode
| Carpinus caroliniana (Hornbeam; Betulaceae) |
| Carya cordiformis (Bitternut hickory; Juglandaceae) |
| Carya glabra (Pignut hickory; Juglandaceae) |
| Carya laciniosa (Shellbark hickory; Juglandaceae) |
| Carya ovata (Shagbark hickory; Juglandaceae) |
| Carya tomentosa (Mockernut hickory; Juglandaceae) |
| Castanea dentata (American chestnut; Fagaceae) |
| Castanea pumila (Chinquapin; Fagaceae) |
| Catalpa bignonioides (Catalpa; Bignoniaceae) |
| Catalpa ovata (Chinese catalpa; Bignoniaceae) |
| Catalpa speciosa (Catalpa; Bignoniaceae) |
| Celtis occidentalis (Hackberry; Ulmaceae) |
| Celtis tenuifolia (Dwarf hackberry; Ulmaceae) |
| Cercidiphyllum japonicum (Katsura-tree; Cercidiphyllaceae) |
| Cercis canadensis (Redbud; Fabaceae) |
K. Fahnestock
| Chamaecyparis thyoides (Atlantic white-cedar; Cupressaceae) |
| Chionanthus virginicus (Fringe-tree; Oleaceae) |
| Cornus alternifolia (Alternate-leaved dogwood; Cornaceae) |
| Cornus florida (Flowering dogwood; Cornaceae) |
| Cotinus coggygria (Smoke-tree; Anacardiaceae) |
| Crataegus dilatata (Broadleaf hawthorn; Rosaceae) |
| Crataegus mollis (Downy hawthorn; Rosaceae) |
| Crataegus pensylvanica (Pennsylvania hawthorn; Rosaceae) |
| Crataegus phaenopyrum (Washington hawthorn; Rosaceae) |
| Crataegus punctata (Dotted hawthorn; Rosaceae) |
| Crataegus succulenta (Long-spined hawthorn; Rosaceae) |
| Cydonia oblonga (Quince; Rosaceae) |
| Diospyros virginiana (Persimmon; Ebenaceae) |
| Euodia daniellii (Bee-bee tree; Rutaceae) |
| Euodia huphensis (Bee-bee tree; Rutaceae) |
B. Keys
| Fagus grandifolia (American beech; Fagaceae) |
| Fraxinus americana (White ash; Oleaceae) |
| Fraxinus nigra (Black ash; Oleaceae) |
| Fraxinus pennsylvanica (Red ash; Oleaceae) |
| Fraxinus profunda (Pumpkin ash; Oleaceae) |
| Ginkgo biloba (Maidenhair tree; Ginkgoaceae) |
| Gleditsia triacanthos (Honey-locust; Fabaceae) |
| Gymnocladus dioica (Kentucky coffee-tree; Fabaceae) |
| Halesia carolina (Carolina silverbell; Styracaceae) |
| Ilex opaca (American holly; Aquifoliaceae) |
| Juglans cinerea (Butternut; Juglandaceae) |
| Juglans nigra (Black walnut; Juglandaceae) |
| Juniperus virginiana (Eastern red-cedar; Cupressaceae) |
| Kalopanax pictus (Castor-aralia; Araliaceae) |
| Koelreuteria paniculata (Golden rain-tree; Sapindaceae) |
K. Kimber
| Larix decidua (European larch; Pinaceae) |
| Larix kaempferi (Japanese larch; Pinaceae) |
| Larix laricina (American larch; Pinaceae) |
| Liquidambar styraciflua (Sweetgum; Hamamelidaceae) |
| Liriodendron tulipifera (Tuliptree; Magnoliaceae) |
| Maclura pomifera (Osage-orange; Moraceae) |
| Magnolia acuminata (Cucumber-tree; Magnoliaceae) |
| Magnolia kobus (Kobus magnolia; Magnoliaceae) |
| Magnolia tripetala (Umbrella-tree; Magnoliaceae) |
| Magnolia virginiana (Sweet-bay magnolia; Magnoliaceae) |
| Malus baccata (Siberian crabapple; Rosaceae) |
| Malus coronaria (Sweet crabapple; Rosaceae) |
| Malus floribunda (Showy crabapple; Rosaceae) |
| Malus prunifolia (Chinese crabapple; Rosaceae) |
| Malus pumila (Apple; Rosaceae) |
K. Luta
| Morus alba (White mulberry; Moraceae) |
| Morus rubra (Red mulberry; Moraceae) |
| Nyssa sylvatica (Sourgum; Nyssaceae) |
| Ostrya virginiana (Hop-hornbeam; Betulaceae) |
| Oxydendrum arboreum (Sourwood; Ericaceae) |
| Paulownia tomentosa (Empress-tree; Paulowniaceae) |
| Phellodendron japonicum (Japanese corktree; Rutaceae) |
| Phellodendron lavallei (Corktree; Rutaceae) |
| Phellodendron sachalinense (Corktree; Rutaceae) |
| Photinia villosa (Photinia; Rosaceae) |
| Picea abies (Norway spruce; Pinaceae) |
| Picea glauca (White spruce; Pinaceae) |
| Picea mariana (Black spruce; Pinaceae) |
| Picea pungens (Colorado blue spruce; Pinaceae) |
| Picea rubens (Red spruce; Pinaceae) |
M. McCormac
| Pinus banksiana (Jack pine; Pinaceae) |
| Pinus echinata (Short-leaf pine; Pinaceae) |
| Pinus nigra (Austrian pine; Pinaceae) |
| Pinus pungens (Table-mountain pine; Pinaceae) |
| Pinus resinosa (Norway pine; Pinaceae) |
| Pinus rigida (Pitch pine; Pinaceae) |
| Pinus strobus (Eastern white pine; Pinaceae) |
| Pinus sylvestris (Scots pine; Pinaceae) |
| Pinus virginiana (Virginia pine; Pinaceae) |
| Platanus acerifolia (London plane; Platanaceae) |
| Platanus occidentalis (Sycamore; Platanaceae) |
| Populus alba (White poplar; Salicaceae) |
| Populus balsamifera (Balsam poplar; Salicaceae) |
| Populus canadensis (Carolina poplar; Salicaceae) |
| Populus canescens (Gray poplar; Salicaceae) |
S. Miller
| Populus deltoides (Eastern cottonwood; Salicaceae) |
| Populus grandidentata (Bigtooth aspen; Salicaceae) |
| Populus heterophylla (Swamp-cottonwood; Salicaceae) |
| Populus jackii (Balm-of-Gilead; Salicaceae) |
| Populus nigra (Black poplar; Salicaceae) |
| Populus tremuloides (Quaking aspen; Salicaceae) |
| Prunus alleghaniensis (Allegheny plum; Rosaceae) |
| Prunus angustifolia (Chickasaw plum; Rosaceae) |
| Prunus armeniaca (Apricot; Rosaceae) |
| Prunus avium (Sweet cherry; Rosaceae) |
| Prunus cerasus (Pie cherry; Rosaceae) |
| Prunus mahaleb (Mahaleb cherry; Rosaceae) |
| Prunus padus (European bird cherry; Rosaceae) |
| Prunus pensylvanica (Pin cherry; Rosaceae) |
| Prunus persica (Peach; Rosaceae) |
J. Queen
| Prunus serotina (Wild black cherry; Rosaceae) |
| Prunus subhirtella (Higan cherry; Rosaceae) |
| Pyrus calleryana (Callery pear; Rosaceae) |
| Pyrus communis (Pear; Rosaceae) |
| Quercus acutissima (Sawtooth oak; Fagaceae) |
| Quercus alba (White oak; Fagaceae) |
| Quercus bicolor (Swamp white oak; Fagaceae) |
| Quercus coccinea (Scarlet oak; Fagaceae) |
| Quercus falcata (Southern red oak; Fagaceae) |
| Quercus hemispherica (Laurel-leaved oak; Fagaceae) |
| Quercus imbricaria (Shingle oak; Fagaceae) |
| Quercus macrocarpa (Bur oak; Fagaceae) |
| Quercus marilandica (Blackjack oak; Fagaceae) |
| Quercus montana (Chestnut oak; Fagaceae) |
| Quercus muhlenbergii (Yellow oak; Fagaceae) |
A. Schellhammer
| Quercus palustris (Pin oak; Fagaceae) |
| Quercus phellos (Willow oak; Fagaceae) |
| Quercus robur (English oak; Fagaceae) |
| Quercus rubra (Northern red oak; Fagaceae) |
| Quercus shumardii (Shumard oak; Fagaceae) |
| Quercus stellata (Post oak; Fagaceae) |
| Quercus velutina (Black oak; Fagaceae) |
| Rhamnus davurica (Buckthorn; Rhamnaceae) |
| Robinia hispida (Bristly locust; Fabaceae) |
| Robinia pseudoacacia (Black locust; Fabaceae) |
| Robinia viscosa (Clammy locust; Fabaceae) |
| Salix alba (White willow; Salicaceae) |
| Salix amygdaloides (Peach-leaved willow; Salicaceae) |
| Salix babylonica (Weeping willow; Salicaceae) |
| Salix caroliniana (Carolina willow; Salicaceae) |
L. Svensson
| Salix fragilis (Crack willow; Salicaceae) |
| Salix nigra (Black willow; Salicaceae) |
| Salix pentandra (Bay-leaved willow; Salicaceae) |
| Salix rubens (Willow; Salicaceae) |
| Sassafras albidum (Sassafras; Lauraceae) |
| Sorbus americana (American mountain-ash; Rosaceae) |
| Sorbus aucuparia (European mountain-ash; Rosaceae) |
| Sorbus decora (Showy mountain-ash; Rosaceae) |
| Styrax japonica (Japanese styrax; Styracaceae) |
| Taxodium distichum (Bald cypress; Cupressaceae) |
| Thuja occidentalis (Arbor-vitae; Cupressaceae) |
| Tilia americana (Basswood; Malvaceae) |
| Toxicodendron vernix (Poison sumac; Anacardiaceae) |
| Tsuga canadensis (Canada hemlock; Pinaceae) |
| Ulmus americana (American elm; Ulmaceae) |
Dr. Hardy will do the following species:
| Ulmus parvifolia (Chinese elm; Ulmaceae) |
| Ulmus procera (English elm; Ulmaceae) |
| Ulmus pumila (Siberian elm; Ulmaceae) |
| Ulmus rubra (Red elm; Ulmaceae) |